A partir de 1994 surgieron en diferentes regiones de Colombia los programas universitarios licenciaturas en etnoeducación. El enfoque en el que se fundamentan estos procesos de formación docente retoma la perspectiva de la etnoeducación formalizada en la Ley 115 de 1994 y en el Decreto 804 de 1995, normas con las que se reconoce la educación de los grupos étnicos y el derecho de los pueblos indígenas y comunidades afrodescendientes al control cultural de su educación. El embrión de un sistema de formación docente intercultural en el campo de la educación superior colombiana se encuentra asociado con este fenómeno que denomino etnoeducación universitaria. Este artículo retoma elementos históricos y políticos de tres décadas de su travesía, con el propósito de hacer visibles sus avances y aportaciones al capítulo de la formación docente colombiana, ámbito en el cual aún no se reconocen estas experiencias.