En las últimas décadas, la presencia de mujeres en la ciencia ha aumentado de manera significativa; sin embargo, persisten desigualdades interseccionales que afectan de forma particular a las mujeres indígenas. Estas enfrentan barreras que van más allá del género, incluyendo la discriminación étnica, cultural y socioeconómica, lo que genera exclusión sistemática en los espacios académicos y de investigación. El presente artículo analiza las condiciones de maltrato, discriminación e indiferencia hacia mujeres indígenas científicas desde un enfoque interseccional y bioético, incorporando un análisis de datos estadísticos, aportes teóricos y propuestas de transformación institucional. Se sostiene que las científicas indígenas son objeto de violencia estructural que limita su participación plena en la producción de conocimiento, lo que empobrece la ciencia y reproduce jerarquías coloniales. Se concluye que avanzar hacia una ciencia más equitativa requiere políticas con perspectiva intercultural, reconocimiento de la diversidad epistémica y estrategias de acompañamiento específicas para mujeres indígenas en la investigación, además de una coresponsabilidad.