La educación superior intercultural en México apuesta por la creación de nuevos perfiles profesionales, cultural y lingüísticamente pertinentes, que empoderen a las y los jóvenes indígenas y a sus comunidades. En este trabajo reflexionamos acerca de la metodología empleada en una etnografía colaborativa que hemos ido llevando a cabo con una universidad intercultural mexicana, la Universidad Veracruzana Intercultural (UVI), y particularmente con sus egresadas y egresados. Presentamos aprendizajes obtenidos a lo largo de cinco años de trabajo colaborativo-etnográfico con la UVI, cuyas bases metodológicas procuran combinar los principios de la “antropología activista” con una “etnografía doblemente reflexiva”. La ponencia analiza cómo en el proceso de interculturalización educativa surgen nuevas opciones metodológicas y cómo estas pueden retroalimentar, rejuvenecer y descolonizar la clásica etnografía antropológica, de orientación aún demasiado monológica y extractivista. Colaborando con redes de jóvenes “letradxs” que asumen nuevas formas y estrategias de intermediación, representación y movilización étnico-política entre sus comunidades indígenas de origen, por un lado, y las instituciones del estado-nación mexicano, por otro lado, procuramos identificar el potencial que una etnografía colaborativa realizada con una “larga duración” ofrece para la teorización antropológica tanto como para la innovación metodológica. Sostenemos que por lo menos en el contexto mexicano contemporáneo, este tipo de etnografía más dialógica y colaborativa contribuye, a la vez, a la democratización de las relaciones entre pueblos originarios y estado poscolonial.