Con base a trabajo etnográfico de cerca de 30 años en comunidades indígenas se analizan los procesos comunitarios de purhépechas y nahuas en Michoacán que resisten a los mecanismos de sujeción institucional: Nurío y Ostula. Ambas comunidades pertenecen al Concejo Nacional Indígena (CNI), organización vinculada con el zapatismo en Chiapas. Estas comunidades ejercen sus propias formas de gobierno, imparten justicia, cuentan con sus propios cuerpos de seguridad y tienen el control de su territorio, todo ello bajo el mandato de la asamblea. Se han negado a las políticas gubernamentales relativas a los programas de certificación, del llamado presupuesto directo, de la institucionalización de las guardias comunales, así como del acecho de las agroindustrias, empresas mineras y de actores de economías ilegales. Por ello, se denominan autonomías rebeldes, porque en la práctica ejercen su derecho al autogobierno y libredeterminación, que les ha permitido responder a procesos de violencias multidimensionales. A partir del ejercicio de derechos, como autonomías de facto, se problematiza sobre el contenido del concepto de autonomía como polifónico, asi como el de autogobierno. Del mismo modo, se revisa de manera crítica las reformas en materia indígena en el estado y los mecanismos de cooptación y gobernanza indígena.