A lo largo de 17 años, la comunidad científica ha problematizado en estudios académicos el proyecto de construcción de la presa el Zapotillo ubicado en la Cuenca del Rio Verde en el Estado de Jalisco cuyo objetivo es suministrar agua para uso doméstico y urbano a municipios de los Altos de Jalisco, para la Zona Metropolitana de Guadalajara y la Ciudad de León Guanajuato, principalmente. Las implicaciones de la obra de infraestructura son variadas entre las que destacan la inundación del territorio de tres pueblos, y la cuestión de la gestión del agua en términos de su suministro para usos consuntivos. Ante esta problemática, la comunidad científica ha abordado el tema desde múltiples dimensiones analíticas y perspectivas epistemológicas. Por ello, el objetivo de este trabajo es realizar una revisión sistemática de la literatura sobre el proyecto, con el fin de identificar las principales problemáticas abordadas. Esto incluye la inundación de territorios de tres pueblos, la cuestión de la gestión del agua, las perspectivas y enfoques analíticos utilizados por la comunidad científica, así como las disciplinas científicas que han abordado el proyecto. Además, se analiza el papel de la interdisciplina como enfoque analítico para el entendimiento de problemas complejos como el caso de la presa El Zapotillo.