Tras la reforma constitucional de 1991, la relación entre el Estado y los pueblos indígenas de Colombia sufrió un cambio plagado de contradicciones. Como consecuencia, en sus territorios se han enquistado mecanismos de violencia que impiden el desarrollo de sus prácticas culturales ancestrales. Este hecho se evidencia en el caso del Chocó embera, donde el abandono estatal agrava aún más su situación de crisis humanitaria. La desterritorialización y el confinamiento, fruto de la presencia de varios de los actores partícipes del conflicto armado y de los planes de capitalización del Chocó, les ha obligado a abandonar sus tierras. Pese a la existencia de organismos de ayuda humanitaria, la fragilidad de sus condiciones de vida ha predispuesto que estén inmersos en dinámicas que refuerzan el etnocidio y la violencia des-socializadora. El presente estudio analiza la relación entre los indígenas colombianos y el Estado desde una perspectiva histórico-antropológica, profundizando en las relaciones jurídicas basadas en la noción de diversidad, y cuya evolución ha provocado la “colombianización” de dichos pueblos, esto es, su inserción forzosa dentro de la nación. Para ello, se empleará como paradigma la cuestión de la desterritorialización de los indígenas embera que habitan en el departamento de Chocó, y su migración a las grandes urbes, así como la carencia de un compromiso responsable por parte de las instituciones estatales para la implementación de los acuerdos de paz, tras los crímenes de lesa humanidad que padecieron durante el conflicto armado.